达尔文在这里看到了一种与燕鸥相似的鸟，叫作剪嘴鸟。它长着一个窄条形的嘴，下半片嘴比上半片嘴长得多。达尔文看到剪嘴鸟如何用下半片嘴贴着水面迅速地飞来飞去，灵活地把它的嘴所碰到的小鱼从水中叼出来。 
　　只是在十月二十日，他才到达巴拉那河的河口，并离船上岸，因为他怕“贝格尔”号开过去。 
　　达尔文由于在布宜诺斯艾利斯市没有等着“贝格尔”号，在那里呆了两个星期后，就搭乘开往蒙得维的亚的邮船。十一月四日，他在蒙得维的亚找到了“贝格尔”号，该舰为了画完所有的海岸图（海岸图的资料是由一些小纵帆船收集来的），把起航日期拖延到了12月初，所以达尔文再次登岸，决定再深入到当时叫作班达奥利恩塔耳、现在叫作乌拉圭（用注入拉普拉塔河的一条大河的名字而命名）的国家去旅行一次。他这次旅行用了两个星期，即从十一月十四日到十八日。他预定要去的一个地点就是位于蒙得维的亚以西的科洛尼亚·德尔·萨克拉明托城，而他也打算从那里沿乌拉圭河上流到乌拉圭河东支流的里奥内格罗河（这是同一名字的另一条河）沿岸的小村落梅塞德斯去，然后从那里径直返回到蒙得的亚。 
　　刚一上路，他就不得不乘小船多次渡过流入拉普拉塔河的河水横溢的河流。使他感到惊奇的是，完全不习惯于游泳的马却很容易地游过了一些达五百米之宽的河流。由于最后几次在陆地旅行时所见到的平原都是极为平坦的，所以现在他看到的地方就呈现出高低不平的丘陵状。许多小溪和碧绿繁茂的草原使风景更增添了诗意。达尔文于第三天到达了科洛尼亚·德尔·萨克位明托。该城在乌拉圭为争取自身独立而同巴西作战期间受到了极为严重的破坏，变成了一片废墟。此外，这里曾经发生过大雷雨，毁掉了一些建筑物。在附近的畜牧场里，达尔文感到惊奇的是一种样子象狮子狗的本地牛“尼阿塔”。达尔文指出，属于这种奇特品种的动物只能食取长得很高的草类，所以在大旱期间，它们由于上唇短而不能食取长得很矮的草类，就轻易地死掉了。 
　　达尔文在走到清澈的河水迅速驶向南去的壮丽的乌拉圭河岸时，便往北拐去。他在畜牧场里到处都可以遇见热情好客、彬彬有礼、但又愚昧无知得使他吃惊（例如他们不相信地球是球形的）的高楚农民。他不得不骑马穿过一望无际的、常常高过骑马者头顶的飞帘丛和有马背那么高的西班牙蓟丛。因为牲畜很容易在飞帘丛中丢失，所以这里特别好的畜牧场都密密地座落在没有飞帘的低湿河谷的地方。达尔文终于到了乌拉圭河的支流里奥内格罗河。从山上一眼望去，这条河流的风景美丽如画。它又宽又深，水流湍急，从悬崖峭壁的山麓绕行过去，在它拐弯处的外面有一条森林带，而在地平线的远处都是绿茵茵的草原。 
　　达尔文在从梅塞德斯返回的途中，又偶然发现了一些古生物残骸：在这里他也挖掘出一部分磨齿兽的头骨、箭齿兽的头骨和几片大犰狳的甲壳。一些地方的名称——兽河和巨兽山也表明，整个国家都是这些绝灭动物的坟墓。 
　　达尔文回到蒙得维的亚，一个星期后搬到“贝格尔”号，“贝格尔”号上完水并曳拖上从洛乌那里买来的“埃德文切尔”号纵帆船，于十二月七日往南朝巴塔哥尼亚方向驶去。 
　　如果不把一望无际的无数群白蝴蝶向“贝格尔”号铺天盖地飞袭而来（因此，水手们说是“下了一场蝴蝶雪”）这件事算在内的话，那么可以说，这次航行是一帆风顺的，没有发生过特殊事件。在离哥连德角不远的地方，被达尔文撒到海里的一张小网捞取了计多在海中浮游的活甲虫，其中一部分是淡水栖甲虫，一部分是陆栖甲虫。达尔文把这种现象解释为，有一条来自淡水湖的小河在离哥连德角不远的地方流进海里。 
　　十二月二十日，“贝格尔”号和“埃德文切尔”号驶进了希望港口，于是在达尔文面前展现出一片真正的荒漠，在荒漠的斑岩块体的上面展现出一片辽阔的平原，混杂有淡白色泥土的圆形砾石，长在棕袍色粗硬的草的寥寥无几的地块，多刺的灌木丛覆盖在它的上面。食物、植物和动物奇缺是该荒漠的主要特征。西班牙人当时想在这里定居下来的一切打算，都因遭到印第安人的反抗和自然界的“不好客”而落了空。从一些地方名字如“饥饿港”就已表明这一点。然而达尔文十月二十四日在这里的无数羊驼中还是射到了一只。这只羊驼除了内脏以外。净重七十七公斤。达尔文在《航海日记》中写道：“所以，我们就有了供大家过圣诞节用的鲜肉了。” 
　　就这样，在“贝格尔”号上的旅行生活又过去一年。达尔文已茁壮成长为一个博物学家和旅行家，物种起源问题也就愈来愈广泛地在他面前展开了。恰恰在南美洲，有如此之多的贫齿目化石的发现，许多邻近物种的地理分布，对于动物的绝灭、动物的适应、动植物的相互斗争的观察，所有这一切都在为怀疑赖尔对物种所持的观点的正确性提供根据。达尔文在这一年仍继续研究南美洲的地质情况。他的研究工作经常是在困难的环境中进行的，要有十分耐心、孜孜不倦和坚韧不拔的精神，要有作出正确判断的卓越才能，要有善于博得当地居民信任的本领。如果说他在青年时代作为一个采集家、收藏家和猎人就已初步表现出了这些品质的话，那么现在他已锻炼成为一个善于思考、善于给自己提出问题、并且设法解决这样或那样问题的博物学家了。 

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