很可能，如弗朗西斯·达尔文所认为的那样，达尔文就是从这第一本笔记中选取了最有趣的几页；这本笔记中剩下来的和弗朗西斯·达尔文所发表的一切也都是很有趣的。我们现在来谈谈某些笔记。如果在绝灭的和现代的种类之间有什么联系的话（达尔文确信美洲的贫齿动物就有这种联系，此外，澳洲的袋鼠当时也形成了这种联系），那么这种联系就是繁殖。他在笔记中写道：“连续的繁殖说明，为什么现代的动物属于已经绝灭的类型；这是一条几乎已被证明了的规律……如果不改变，它们就会绝灭，象金莱茵特苹果一样；这是物种的一代，象是特殊种族的一代一样……如果一种·物·种产生出其他的·物·种，他们的族就不会彻底灭亡；象用种子进行繁殖的金莱茵特苹果那样，可以继续存在，否则就会全部绝灭”。 
　　这里应当说明，达尔文在引用“金莱茵特苹果”这个比喻时，意味着什么。果树栽培家帕什凯维奇是这样解释这一点的：“金莱茵特苹果”是英国苹果的一个品种，它具有无性繁殖的能力。著名的植物栽培学家怀特提出了关于果树品种的永久性问题，并得出结论说：那些在几个世纪期间靠嫁接来繁殖（无性繁殖）而不更新种植地块的品种（其中包括“金莱茵特苹果”）正在绝种。要使它们不绝灭，就必须用种子进行繁殖。达尔文说，一些物种如果在条件变化的情况下而不发生变化，那就会象无性繁殖而无变化的“金莱茵特苹果”一样而遭到绝灭。 
　　“如果一种物种产生出其它的物种，也就是说，如果它们发生变异的话，它们的族就不会彻底灭亡，因为它们就象用种子进行繁殖的‘金莱茵特苹果’一样而继续存在。” 
　　地理扩展方面的事实也向达尔文提出了进化的说明。为什么在某些地区动物属于一定的类型，这一定有某种原因。为什么羚羊在非洲，而袋鼠却在澳洲？当然，这不是因为有两个不同的创造者，而是因为“羚羊的共同祖先在非洲，而袋鼠的祖先在澳洲”。这不能不使他提出关于现代的贫齿动物和绝灭的贫齿动物之间的种属问题。他在笔记中写道：“我认为，在南美洲，大懒兽弟兄，即现在已经绝灭的犰狳的叔伯可能是所有犰狳的祖先”。但是，绝灭的种类是否总要留下后代呢？他在笔记中接着指出：“如果个体不能繁殖，它就没有后代，物种的情况也是这样。”他指出，古生的马在一个地方留下了后代，这就是现在还生存着的南美洲的斑马，而在北美洲，它却已经绝灭了，没有留下后代。这就很自然地提出了这样的问题：这种绝灭取决于什么呢？他把新的想法记了下来：“至于说到绝灭，那么我们可以很容易地看到，鸵鸟的变种可能适应性很差，因而必将绝灭，或者在另一种情况下，象加拉帕戈斯群岛上的反舌鶫那样，处在有利的条件下而大大地繁殖起来。这一切都依据于这样一个原则：在狭小境域内的繁殖和变化着的条件所引起的不断变异，在适应于这些条件的情况下继续存在和发展。因此，物种的绝灭是由于不适应环境的结果（与美洲的情况相反）。” 
　　弗朗西斯·达尔文指出了这一处文字，虽然他认为这是个“表达得有点含混的”一处文字，但在这里毕竟十分清楚地提出了最适应者得以保存的原则，并注意到，达尔文在了解马尔萨斯学说以前就写出了这个原则。因此，弗朗西斯·达尔文是正确的，他说：“我毫不怀疑，只要他（查理·达尔文）知道生物是相互依附的，并且具有它们的生存条件是残酷的这方面的知识，他的经验就一定会形成为一种理论，有了这种理论，勿须求助于马尔萨斯也能够工作。” 
　　人来源于动物这一点没有使他这个既喜欢野生动物、又喜欢家养动物的博物学家，象许多和他同时代的人（甚至包括赖尔）那样，产生某种厌恶的情感。达尔文写道：“如果让我们任意假设一下的话，那么，动物，即在痛苦、疾病、死亡、苦难和饥饿中的·弟·兄，我们在最艰难的工作中的奴隶，我们在欢乐与共中的同志，——所有这一切也许会使它们通往同我们具有一个共同的祖先这个来源——·会·使·我·们·所·有·的·人·溶·合·在·一·起。。（着重号是我加的——作者注）。” 
　　他在用进化论说明所有生物的历史发展时，同他在进行伟大的总结以前以及进行伟大的总结期间的物理学和天文学方面的状况都进行了对比。他感觉到，他的理论不能不遇到类似的反对意见。他写道：“在万有引力定律发现以前，可以说用一个规律来说明所有星球的运动，正如用一个规律来说明一个星球的运动一样，都是困难的。人们也可能说，这对于所有哺乳动物是一个来源这一点来说似乎什么也没有说明（如果我们打算说明的话）……”“天文学家曾经说过，上帝预先确定了每个星球要按照自己的特殊轨道运行。同样，上帝也要求每个动物在一定的国家里以一定的形式创造出来；但是这种要求的威力是多么简单而又多, 么雄伟：让万有引力按照一定的规律发挥作用吧，这将会导致一种不可避免的结果，——让动物创造出来吧，那时它们的后代将按照一代被另一代所代替的固定规律而成为同样的动物。” 
　　我们根据笔记中这些仓促作出的评论看到，达尔文在这个时期明确地向自己提出了进化原因的问题，对于进化他已经不再怀疑了，为了弄清进化的原因，他认为必须研究生物的适应性以及生物的性质、构成和本能。如果他的理论取得了胜利，他想在他的面前将会展现出科学进一步发展的极其广阔的前景。他写道：“我的理论将赋予现代（类型）和古生代（类型）比较解剖学以重要性：它将导致对本能、遗传、智力遗传以及整个形而上学的研究。它将导致对杂交、再生、变化原因的详细考察，以便了解·我·们·是·从·哪·里·起·源·的（着重号是我加的。——作者注）和向何处发展，什么情况有助于杂交，什么情况妨碍杂交，——这种情况和对物种构成中直接过渡的观察，能够导致变化规律的发现，而这种规律会成为研究的主要对象，并将指导我们的认识。” 
　　一八三八年上半年，达尔文忙于对旅行期间所从事的动物学和地质学作总结。这时他感到身体不适，便决定到剑桥自己的朋友们那里去几天，并住在汉斯罗那里，晚上汉斯罗那里聚集了很多人。达尔文认识了教阿拉伯语和犹太语的李教授，并拜访了地质学家塞治威克。 
　　在剑桥的休息对达尔文起了很好的作用。他终于恢复了健康；于是决定到苏格兰去游览一番，他从格拉斯哥出发，到了英威涅斯山谷，在这里他住了八天，研究了类似罗埃河谷的地质学上的阶地。天气非常好。在令人讨厌的伦敦生活以后，达尔文对苏格兰的大自然感到特别愉快，对那美丽的晚霞非常欣赏。他在给赖尔的信中说，他所登上的第一个火山岛和第一个火山口，甚至他所通过的科迪列拉山脉也未必能象罗埃河谷那样使他如此喜欢。 
　　同年夏天，他回到伦敦以后，写了关于这些阶地的一篇论文，发表在伦敦皇家学会的《会报》上。他在这篇文章中得出的结论是错误的，后来达尔文一直为这篇文章感到羞愧，这篇文章，就象他后来认识到的那样，对他来说是任何时候都不能在结论中利用排他的方法的一个教训。在他之前，劳格、迪克和马卡洛克都认为，罗埃河谷的阶地是一些湖泊的沉积物，而这些湖泊则是由一些山岩和冲积层构成的堤坝形成的。达尔文认为，既不能用岩石也不能用土堤来截住水流，他驳斥了任何“湖泊的”理论而采用了唯一剩下的说明——海的活动。后来对这些阶地的形成是用冰川块构成的堤坝来说明的。可以用来作为对达尔文进行辩解的理由的是，在四十年代，整个冰川的地质活动还很少被说明，至于在苏格兰（就象在南美洲一样）所遇到的那些漂石，根据赖尔的解释，说它们是在漂浮的冰块上经过大海而被带到这里来的，由此就产生了“巨漂砾”这一名称。 

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