要解释各变种之间杂交时如何由通常的能育性转变为物种彼此之间杂交时发生的不育性，那就更难了。这个障碍有很大的意义，因为达尔文反复证明，变种是“初期的物种”，而物种则是“强化了的变种”。达尔文指出，变种的能育性也和物种的不育性一样，绝不是经常存在的，可以发现这两种状态之间的过渡情况，这就缓和了这种异议。最后一个难点是当时没有现在各种类型的祖先在古生物学方面的直接连续，在古生物学的发现方面存在着一些很大的空白点。达尔文证明，这些空白点是不可避免的，原先那些动物的残迹随着时间的推移总是在逐渐消失，总之，我们任何时候也不能妄想得到一份比较完整的“地质记录”。 
　　对自己的理论提出批评，并且是长达几章的批评，这是这本书的一个特点。达尔文非常诚恳地不仅不隐瞒上述理论方面的难点，不仅不象许多坚持自己观点的作者那样，不去注意这些难点，而且还让自己的对手找出自己在理论和结论方面的弱点，仿佛他在寻找这些难点，并预见到一切可能提出的异议。是的，他并未使这些异议悬而未决，他总是对这些异议加以分析，并竭力使那些难点与自己理论的论点一致起来，后来，达尔文认为，他这本书之所以成功，是由于多年来他遵循着一条金科玉律，他在自传中说：“每当我在报刊上遇到同我的一般结论相反的新的视察或思想时，我都立刻如实地摘要记下来；因为我从经验中确信，这一类事实和思想远比那些适合心意的事实和思想会更容易被遗忘。由于这种习惯，我才很少遇到以前未曾注意到的或者不曾企图答复的反对我的观点的异议”。一个科学者越是诚实，越是对自己要求严格，那么别人要想反对他的思想就越困难，华莱士正确地指出，达尔文从来没有得到过暂时性的成功，但是成功本身却总是跟随着他。 
　　接着，达尔文谈到通过选择来得到足以说明进化理论的证据。不论“地质记录”是多么不完整，但是“各种生物在出现时间方面的连续”这一众所周知的事实，在达尔文看来是和他的理论相符合的。而生物的地理分布，特别是生物在难点方面的不同进化情况，而且难点起作用的时间越长，其进化情况就越不同，这些都证明他的理论是正确的。最后，生物的分类，生物的体系，以“性状分歧”原则的观点来解释的“系谱表”，证明属于同一类别的各种类型所具有的一般古代性状、有时是不适宜的性状（痕迹器官）的比较解剖学和胚胎学等，所有这一切都证实了他的理论。该书总的结论是，物种通过自然选择而起源的理论要比创造论者的理论优越得多。 
　　这样，这本书的基础就仍然是一八四二年和一八四四年的《概要》中的那些基本思想。而且书的总的结构几乎也是一样的，但全部材料则进行了彻底的加工。《概要》中有几章在这里作了进一步的发展，并且由于增加了一些新的材料而使内容更加丰富了，从另外几章中选取了最有意义的材料，而其余部分则省略了（关于本能的一章）；还有几章重新作了修改。对原来的《概要》来说，有两处较大的增补：一处是关于鸽子的起源，另一处是关于中间类型的性状分歧和绝灭的原理。 
　　但是决定这本书的风格的不仅是全书的大纲和思想的逻辑发展，而且还有更详尽的叙述方法。达尔文一时一刻也没有忘记书的基本目的是要使读者相信，各种类型的物种借助于自然选择而进化的观点，优越于每个物种是由创造而产生的旧观点。自然选择理论是一种复杂的理论，它包括达尔文指出的几个前提以及由此得出的几个逻辑结论。每一个前提和结论，达尔文都必须极其严肃认真地和最有说服力地加以论证，并且一些实例来证实。还必须对理论中的困难之处加以阐述和分析，驳倒对这一理论的一切异议或使人们对这些异议产生怀疑，也必须对这一理论的那些最重要的结论加以论证。所有这一切都要求对大量复杂的材料作出长篇论述，因为不然的话，读者很容易被这样的材料搞糊涂，很容易忘记某个例子在总概念中放在什么地方，某个论断在总概念中又起着什么作用，总之，由于大量的细节，很容易使读者感到疲倦，为了使读者能够比较容易地抓住本书的基本思路，达尔文在该书绪论中扼要地叙述了这一思路，并指出他是如何将该书划分为若干章的；每一章结束时他都对本章的内容写出一个提要并重复其主要结论，全书结束时，他写了个《复述和结论》，再一次阐述了人工选择和自然选择理论的基本原理，他还接连不断地检查了分散在全书各处的所有对理论的异议，并且再一次集中地审查了所有的论证，这些论证看来要比那些异议的说服力大得多，因此，读者自然而然就能得出结论来。但这还是不够的。 
　　在每一提要的最后，几乎在每一章的最后，都有一句看来是达尔文特别精心编写的结束语，在这句话里他再一次对有关选择和进化的思想加以强调。为了使读者更加注意这些结尾部分，他常常在结尾处用大写字母写某个要素的名称，如“变异”，“选择”等等。我们撇开第五章、第九章、第十一章和第十四章的结尾部分不谈，而来引用其它各章的结尾。 
　　请看《结论》的结尾：“而且，我相信‘自然选择’是最重要的因素，但不是独一无二的变异因素”。 
　　第一章《在家养下的变异》的结尾是：“‘选择’的累积作用，无论是有计划地和迅速地进行的，或者是无意识地和缓慢地但更有效地进行的，都超出这些引起‘变化’的原因之上，它似乎是最重要的‘力量’”。 
　　第三章《生存斗争》的结尾是：“当我们想到此种斗争的时候，我们可以用如下的信念来引以自慰，即自然界的战争是有间断的，而且不会感觉到任何恐惧，死亡一般是迅速的，而强壮、健康和幸福的生物则得到生存和繁殖”。 
　　第四章——《自然选择》是最重要的篇章这一，它的结尾部分是一段很长的比喻。有关达尔文理论的通俗著作经常引用这个比喻： 
　　“同一纲中一切生物的亲缘关系有时用一株大树来表示。我认为这种比喻是很符合实际情况的。绿色的，发芽的小枝可以代表现存的物种；数年前生长出来的枝条相当于长期连续的绝灭物种。在每一生长的时期中，一切生长着的小枝都向各方生出嫩枝，而且试图遮盖并弄死邻近的嫩枝和枝条，物种和物种群在巨大的生活斗争中，随时都在战胜其他物种。巨枝先分为大枝，再逐步分为更小的枝，当树幼小时，它们都曾一度是生芽的嫩枝；这种旧芽和新芽由分枝来相连结的情形，很可以代表在群又分群的分类中的一切现存物种和绝种物种。当这株树还仅仅是一株矮树时，在许多茂盛的小枝中，也许只有两个或三个小枝被保留下来，成长为现在的大枝，并且负荷着其他的枝条；生存在久远的地质时代的物种也是这样，它们之中只有少数物种遗留下现在还活着的变异了的后代。从树开始生长的时候起，许多巨枝和大枝都已经枯萎而且脱落了；这些枯落了的、大小不等的枝条，可以代表那些没有现存代表的、已成为化石状态的全目、全科及全属。正如我们在某些地方看到的，一个细少的枝条从旧树枝的废墟上生出来，并且由于某种偶然机会，至今还在顶端生长着那样，有时我们看到如鸭嘴兽或肺鱼之类的动物，它们在某种程度上由亲缘关系把生命的两条大枝连络起来，并由于生活在有荫庇的地点，便从致命的竞争里得到幸免，如果由于生长而生出新芽，这些新芽如果健壮，就会分出枝条遮盖和压倒四周许多较弱的枝条。所以我认为，这巨大的‘生命之树’在其传代中也是这样的，这株大树用它的枯落的枝条填充了地壳，并且用它的分生不止的美丽枝条遮盖了地面”。 

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