十月份，达尔文去参观“贝格尔”号。正如他给自己的朋友福克司写的那样，“贝格尔”号规模之小使他感到惊讶。这是一艘排水量为二百三十五吨的军舰。他写道：“要把我的身体放进这艘军舰，就得把所有的东西都包起来装进箱子里。在陆地上的人们看来，‘贝格尔’号显得非常小。至于它是否安全可靠，我希望海军部能作出最好的判断”。但是这艘小小的军舰在环球航行中确实不辱使命，它不止一次地经受住了狂风暴雨的袭击。 
　　正如我们所说的那样，达尔文对菲茨·罗伊舰长的初步印象是非常好的。这位年轻人才二十三岁，矮矮的个子，黑黑的皮肤，长得很漂亮。他虽然年轻，但已出海多次，在一八二六——一八三○年间，就曾乘坐这艘“贝格尔”号完成了对火地岛沿岸的勘察工作。原来的那些成员们，即军官和水兵们，都表示愿意同他一起再次出航，这一点充分说明了他很孚众望。在这艘军舰上，除了领导勘察工作的菲茨·罗伊外，还有进行这项工作的助手斯托克斯，斯托克斯同他坐在一张大桌子旁负责进行绘图工作，达尔文也在这张桌子旁工作。舰上有两个尉官：季·韦克姆和布·谢利万，一名医生，十名军官，一名水手长，四十二名水兵和八名少年见习水手。此外，舰上还应有一名博物学家（查理·达尔文），其次还有一个专门看管仪表、天文钟和其他仪器的人，一名美术家和一名绘图员埃尔德，一名曾去过火地岛的传教士和三名火地岛人（他们是菲茨·罗伊在上次航海时带到英国来的，这次他们要返回故乡）。 
　　达尔文一边忙于准备行装，一边挤时间学习如何确定地方的经度和纬度。但是在伦敦购买东西一事因举行国王加冕典礼仪式而被中断，因为每逢举行国王加冕典礼仪式时，所有的店铺一律停业。达尔文观看了这种仪式。使达尔文感到惊讶的是，人们在看到国王时，并不那么兴奋和热情。他在向姐姐苏桑娜描述这种仪式时补充说：“我认为，五十年后人们就不会再来庆祝这种加冕典礼了。” 
　　“贝格尔”号的启航日期一再推迟。最初打算在十月底启航。达尔文去看了一趟“贝格尔”号后，于九月二十二日回到了施鲁斯伯里，以便在临行前再与父亲和姐妹们一起过一段时光。十月二日他离开家，继续办理旅行的准备事宜，在伦敦购买东西。十月二十四日，他终于来到“贝格尔”号停泊地普利茅斯，并留下来，焦急地等待“贝格尔”号最后启航。 
　　启航之所以推迟，最初是由于“贝格尔”号在第一次探险后要进行修理。达尔文在九月份第一次去参观“贝格尔”号时，看到它还没有桅杆，它的形状“与其说象是准备作环球旅行，不如说象是遇了难。”这只舰确实破烂不堪，因此实际上它被重新改造：上层甲板被抬高，这样它在风浪中就变得安全可靠（虽然全体船员仍然把这块甲板叫做“半湖礁”，因为在狂风暴雨的天气里，波浪不断地从这块甲板上头冲过去）；在它的下面腾出了更多的地方来住人和堆放食品；而主要是对船底进行了加固，使这只船坚固多了。当达尔文在十月份再次来到普利茅斯时，船员们正在忙着给船首部分油漆和装修船舱。 
　　达尔文很快就同这些军官和海军准尉们认识了，因为他一会儿同一些人在一起吃饭，一会儿又同这另一些人在一起吃饭。他同斯托克斯在普利茅斯近郊散了几次步，同他一起测量了太阳的高度，关心磁性仪器。倒霉的是遇到了极其恶劣的天气，阴雨绵绵。在这种情况下，达尔文就呆在家里，读点书。在其他日了里，他有时同菲茨·罗伊在一起消磨时间，同他和水兵们一起用餐，或同他们在一起作一些磁性观测，有时同博物学家们——鱼类学家哈米尔顿·斯米特和物理学家哈里森——在一起。 
　　十一月十二日，“贝格尔”号终于油漆完毕，所有甲板已清扫干净，各种物品已收拾停当，于是很快就要启航便有了一些眉目了。 
　　十一月二十三日下午一点，“贝格尔”号解缆了，第一次从停泊处移动，行驶约一英里，改换了停泊地点。达尔文在《航海日记》中指出，为了最后准备启航，要做的事剩下不多了。他写道：“舰上装满了各种储备品……货舱里恐怕连一筐粮食也难以再放进去。我对舰内情况的了解是很模糊的，就象人们对一个人腹内情况的了解一样，也就是说，我对装载空气、水和食物的大船舱的了解是极其模糊的。” 
　　此后，又过去了一些日子，在这些日子里，达尔文有时忙于收拾和布置自己和斯托克斯同住的船舱，有时学习一下子跳上吊床的本领（由于地方不够，所以每天晚上都得搭起吊床），有时在附近散步。终于一切都准备就绪。可是，“贝格尔”号还没有开动，因为逆风一个劲地刮个不停，所以启航日期一拖再拖。达尔文的情绪低落了：他想念亲人，并且想到一离别就是三年，就感到害怕。天气不断使人感到愁闷和沮丧。此外，他还感到心脏有点痛，心搏过速，于是他就象那些只有一知半解的医学知识的青年人所经常表现的那样，猜想自己得了严重的心脏病；不过他没有去找医生，因为他怕医生不让他去航行。 
　　十二月十日终于出海了。达尔文很快就患了晕船病，船的摇晃使他感到十分难受。傍晚，海上迎面刮起了大风暴，因此第二天早晨“贝格尔”号又返航。到中午时分，这艘二桅方帆军舰又回到了它的停泊处。达尔文饱受了风暴之苦，所以在他恢复知觉，稍事休息，在海岸上散了一会步之后，他感到很高兴，因为散步大大恢复了元气。这只舰又不得不停泊在港湾里。这时达尔文着手制定计划，并把他准备在航海时要做的事一一写进了《航海日记》，收集搜集品，考察和阅读他所能消化的自然史的“各个领域”，进行气象观察，学习数学、德语、西班牙语和少量的古典语，例如在星期天用希腊语读读圣经，还读点英语书来消愁解闷。这个宏大的规划比起“剑桥”时的那个规划来虽然稍微逊色，但是在这个宏大的规划中，只有学习数学和阅读希腊文圣经这两项达尔文后来未能实现。 
　　西南风刮个不停，启航也遥遥无期。不过达尔文还是怀着高兴的心情在《航海日记》中指出，三星期前从普利茅斯启航的二桅方帆军舰又被迫返航归来。 
　　十二月二十一日“贝格尔”号终于第二次出海了，但是在退潮期间驶经德霍克岛时触了礁，一动不动地停了半个小时，最后驶进了公海。达尔文也患了晕船病。后来他睡着了，一直睡到第二天早晨才醒。早晨他得知，“贝格尔”号舰由于风向改变又返航回来。它趁着强大的顺风很快就返回到了普利茅斯。 
　　所有这几次延期虽然使查理心情忧郁，但也有其积极的一面。“贝格尔”号属于那种老式的二桅方帆军舰，这类二桅方帆军舰由于轻便而得了一个外号“棺材”，其所以如此，是因为这种轻便的军舰一遇到大风浪便往往沉没。它的船舷与船的大小相比显得很高，因此大浪冲击它们的时候是很危险的。前面已经提到，它从上次航行回来时已破烂不堪，所以不得不对它几乎是重新改造。这只船上用的材料都是最好的。这只小船确实没有辜负舰长和全体船员对它的种种关怀，在它从长期的艰难航行归来时几乎连一根椽木也没丢。 

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