旅行一开始，他就在考察方面表现出敏锐的观察力和认真仔细的特点：他用湿度表对表面上估计的空气包含水蒸汽的浓度作了测量，结果精密仪器表明，空气的干燥程度要比表面上估计的高得多；他注意到由于这里经常刮贸易风，所以金合欢树树梢都向一面弯曲；他把沉积在桅杆顶端风向旗旗布上的灰尘加以收集。这种灰尘原来是从遥远的非洲海岸刮来的，后来爱伦堡教授对它进行研究，发现里面有原生生物的硅质甲壳。 
　　达尔文写信告诉父亲说：“日子过得愉快极了，确实没有比这更愉快的了；我忙得很，这种忙既是一种职责，又是一件很大的乐事。自从我们离开特纳里夫岛以后，我认为我没有闲过半小时。” 
　　因此，达尔文在佛得角群岛所度过的三个星期，都排满了他以博物学家的身分而进行的活动。 
　　达尔文在大西洋之中的一个不为人知的小岛——圣保罗岛的岩礁旁再次登陆。从“贝格尔”号上放下了两只小船。一只由斯托克斯驾驶去调查岩礁，以便把岩礁画到地图上；另一只由韦克姆和达尔文驾驶；韦克姆是去打鸟的，达尔文则是去研究地质和自然史的。达尔文在研究看来是由岩礁上的鸟粪层形成的特别稠密的浮渣过程中，再次表现出了他独特的求知欲。他发现只有两种根本不怕人的鸟，可以用地质锤来打它们，这两种鸟就是管鼻鹱和燕鸥。达尔文认定，这些荒无人烟的岛屿上的第一批移民，是一些寄生昆虫和靠吃鸟的羽毛为生的壁虱。他进行了一次很有趣的观察：在每个管鼻鹱的巢旁都放着一条小鱼，似乎是雄管鼻鹱衔来给雌管鼻鹱吃的，只要把雌管鼻鹱从巢中吓跑，马上就出现几只大蟹把小鱼偷走，而有时可能把小鸟从巢中偷走。 
　　“贝格尔”号在继续前进的航程中越过了赤道，当时按习惯举行了迎海神的仪式，达尔文在《日记》中对此作了如下的描述：“我们越过了赤道。我受到了一次使人厌恶的剃面手术。今天早晨，快到九点钟时，我们这些可怜的新手，共有三十二人，一起被集合在下甲板上。舱口被关着，因此我们大家都处在黑暗之中，感到非常闷热。后来，有四个海神的将军向我们走来。他们把我们逐个地带到甲板上去。我是第一个被带上去的，因此容易敷衍过去。但我毕竟认为这种水上的仪式是令人极不愉快的。在走上去以前，有一个海将扎住我的双眼，把我带了上去。接着他们用一桶桶水从四面八方哗哗地倒在我的身上，然后就把我放在一块木板上面。这块木板可以很容易地被翻转到一个盛满了水的大浴盆里。在这里，他们用柏油和颜料抹在我的脸上和嘴上，并且用一个粗糙的铁环刮去我脸上的一部分涂料。在听到规定的信号以后，他们就把我来个倒栽葱翻进水里。接着有两个人按住了我的身体，把我浸在水里。最后，谢天谢地，他们把我放开。在其他的人当中，有许多人受到的对待要比我难堪得多：往他们脸上涂的那些脏东西也塞进了他们的嘴里。这时候，整个军舰全都变成了澡堂，水象小河一样向四面八方流开来。当然，舰上的所有人员，甚至连我的舰长在内，全身都湿透了”。 
　　美术家埃尔描绘“贝格尔”号上这一情景的一幅图画至今还保存着。我想，站在右边的那位青年，即是人们用水桶从后面向他浇水的那个青年。可能就是达尔文。当然，也可能是年轻的海军练习生中的某个人。 
　　在到巴西之前，“贝格尔”号最后停泊在巴西人流放犯人的费尔南多迪诺罗尼亚小岛旁。这是一个火山岛，有一些大约一千英尺高的山。岛上覆盖着一片几乎无法通行的密林，林中长有木兰、月桂树以及其他各种树木。使达尔文特别感到惊讶的是，这里所有的树木不是果实累累，便是百花争艳。 
　　查理在给父亲的信中，谈到他们到过的那些岛屿上的热带植物给他留下的一般印象时写道： 
　　“热带中最使人惊异的是植物的新奇形态。椰子树很可以根据图画中的画想象出来，不过这里的椰子树极其轻巧，这是任何一种欧洲树所不能比拟的。香蕉树和芭蕉树同暖房中的完全一样，金合欢和罗望子以其蓝色叶子而使人惊异；关于那壮丽的柑桔树，无论是用语言描绘，还是用画笔画下来，都不能给人以任何正确的概念。我们那些温室中的植物具有一种不健康的绿色，而本地的树木则比葡萄牙月桂树的颜色还要深，同时在姿态美上远远超过了月桂树。那些较富裕的居住区的周围，一般都种植着椰子树、番瓜树、浅绿色的香蕉树以及柑桔树，这些树上都果实累累。当你看到这样的情景时，你会确信，要较真实地描写出这样情景是不可能的，而要把这种情况报道一下则是可能的”。 
　　天气热得很厉害，夜间，达尔文躺在吊床上，觉得就象躺在热气腾腾的澡盆里一样，因此他不得不起来躺在桌子上，尽管桌子很硬，但他却睡得特别香。 
　　“贝格尔”号停在巴西的第一站，是巴伊亚市，或者叫做圣萨尔瓦多市。达尔文对展现在面前的风暴感到兴高采烈。这座古城的房舍是白色的，高大的，狭长的窗户使房舍显得很整齐。古城位于海湾之上，海湾里停泊了许多大船，古城的四周为热带植物森林所环抱。达尔文漫游在具有热带风光的花木之间，下雨时空气特别新鲜，风景特别优美，这时达尔文感到洪保德的描写一点也不夸张。他在《航海日记》中写道：“不过城市的这些美景无法与植物相媲美；根据我所见到的，我认为，洪保德的那些绝妙的描写不仅现在，而且将来也是无与伦比的。他描写了蔚蓝色的天空，把诗篇和科学罕见地结合起来，有力地描绘了热带的风光。但是，即使如此，他也远远没有把真实情况表现出来，此时此刻你所感受到的那种心旷神怡的感觉真使你神魂颠倒：如果你的眼睛想注视某一只花蝴蝶的飞舞，可它却落到一棵树上或一个果子上。如果你在观看某一只昆虫，那你马上就会把它忘掉，因为昆虫正在爬着的那朵不平常的花会把你迷住。如果你想要赞美各种壮丽的景色，你就要把注意力集中在独特的前景上。心里充满了混乱的赞美感情，这种感情又形成了一种未来的、更加悠闲的喜悦心情。我只有现在才认清了洪保德：对于我来说，他是照耀我接受一切知识的第二个太阳”。 
　　除了欣赏这些风景和自然史的客观事物之外，达尔文认为新的、令人惬意的是“认识到我的任务就是要成为一名博物学家，如果我轻视这一任务，那就是轻视这些年来给了我极大愉快的那些知识。” 
　　达尔文在巴伊亚停留了将近二十天。他游览了热带森林，收集了蜥蜴、昆虫和植物，观察了绝大部分是黑奴构成的当地居民的生活，狂欢节时漫游了各条街道。一群快活的人们把一个蜡黄色的水球互相投掷，而另外一些人则用大杓互相泼水，以此取乐。他结识了几位当地商人和一艘美国大军舰上的几位军官。他从派真舰长那里听到了有关美洲奴隶制度的令人愤懑的各种事实。原来贩卖奴隶的活动在大规模地进行。使他感到惊讶的是，那些热衷于贩卖奴隶活动的所谓“正人君子”竟以野蛮手段来保护这种活动。 
　　大概就在这时发生了达尔文在自传中所提到的他与菲茨·罗伊的那次冲突。菲茨·罗伊是个典型的托利党人，而达尔文则是个辉格党人。菲茨·罗伊想要维护和夸耀奴隶制度。他告诉达尔文说，他曾经拜访了一个大奴隶主，这个大奴隶主当着他的面把自己的奴隶们叫在一起，问他们对自己的处境是否满意，他们是否愿意获得自由，奴隶们一致回答说：“不”。达尔文带着嘲笑的口气问他，难道能够认为那些奴隶当着主人的面所说的话有什么意义吗？菲茨·罗伊是一个脾气暴躁的人。他勃然大怒，对达尔文说，既然你对我说的话是否真实表示怀疑，那我们就不要再在一起生活了。达尔文离开他后心想，由于发生了这场争执，他将不得不离开这只舰了。菲茨·罗伊把大副叫了去，当着他的面发泄对达尔文的怒气。但是，看来军官们都站在达尔文这一边。这时他们邀请达尔文同他们一起吃饭。不过菲茨·罗伊也是一个容易息怒的人。过了几个小时，他派一名军官去向达尔文道歉，并且请达尔文仍和已往一样同他一起生活。 

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