至于谈到假想的人的系谱，达尔文说，人来源于狭鼻猿类，当时狭鼻猿类已经从阔鼻猿类中分了出来。根据赫胥黎的意见，猿来源于狐猴，狐猴来源于其他高级（有胎盘的）哺乳动物，而其他高级哺乳动物则来源于有袋亚纲。有袋亚纲则通过原兽亚纲（鸭咀兽和针鼹）来源于爬虫纲。达尔文附带声明说，就在人们试图彻底研究哺乳动物的系谱时，“我们沉浸于越来越模糊的科学领域”。并向那些愿意知道，“智慧和知识可以达到何种程度”的人们介绍赫克尔的《自然创造史》时，达尔文扼要地解释说，为什么可以设想所有的脊椎动物亚门彼此之间有血缘关系，并且来源于无颚类祖先。 
　　在更早更原始的祖先中，达尔文列举了文昌鱼，即蛞蝓鱼，当时人们把它归为鱼类，或者看作是脊椎动物亚门中最原始的动物。后来他又转而研究海鞘的幼虫，一八三三年四月，还在福克兰群岛时，他就研究过这些幼虫，并借助放大镜把它们仔细地画了出来。他举了别人向他报告的亚·奥·科瓦列夫斯基的那波利的发现，即海鞘的幼虫，就其发展方式和神经系统的位置，就蛞蝓鱼和高级脊椎动物胚胎所固有的脊索的存在方面来说，是和脊椎动物亚门相似的。达尔文断定说：“因此，如果相信胚胎学（他在分类学中始终是最可靠的指导者），我们最终就会找到脊椎动物亚门起源的钥匙。我们现在有权认为，在以前极其遥远的时期，就存在过一类动物，他们在许多方面都与现在的海鞘幼虫相似，这一类动物分为两大分支，其中一支在发展①中变弱了，形成了现在的海鞘纲，另一分支则发展到动物界的高级阶段，奠定了脊椎动物亚门的基础②。 
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　　①由于不活动的生活方式。 
　　②有趣的是，这一假设不久以前由洛曼重新提出，他是尾海鞘纲（构造接近海鞘幼虫的动物）的专家。 

　　达尔文叙述了在研究痕迹器官的基础上怎样看出人类近期的远祖的外貌，然后他以下列语句结束了这一章：“真的，没有什么可为它们害羞的。最简单的生物也还是要比我们脚下的无生命尘土高出许多，正常人的智慧，在研究任何有生命的东西，甚至是最低级的有生命的东西时，是不能不为它的奇特构造和属性而感到惊奇的”。 
　　因此，达尔文在《人类的起源》的第一部分中，在广度和深度上，都发展了赫胥黎和赫克尔已经发表了的那些基本思想。他象往常一样，尽管使研究的主题包括的内容更宽一些，他所举出来的证明人起源于动物的事实，在数量上也远远超过赫胥黎和赫克尔的论据：例如，他列举了许多人的痕迹器官，这就应该感到惊奇。关于人类才智和精神方面的能力逐渐发展的这几章内容就是崭新的，毫无疑问，这是与有必要反驳华莱士关于这些人类才智和精神方面的能力有特殊起源这一观点有关的。 
　　然而，还有一个问题，达尔文对它作了完全独创的解答，这就是关于人种起源问题。自然选择——这一他认为在物种起源、种的区别中起着如此重大作用的因素——在这里都不太适用了。通过自然选择，通常只是保存一些有益的变异，但是人种间外表上的区别，却不能列入这一特征的范畴之内，因为它没有给自己的拥有者带来任何明显的好处。他认为，这些特征既不能用外界条件的直接影响来解释，也不能用拉马克关于器官使用和不使用的原则来解释。用对其他有益的特征的某种依赖性，即所谓相关作用，也是难于解释这些特征的。由于他的思路完全是顺着“选择”走，所以在这里，在“性选择”原则中，得到了解释，而这一原则他早就用来解释动物的第二性征的起源问题。他本人承认，这是一个一向引起他极大兴趣的问题。例如，一八六九年二月二十二日，他写信给弗里茨·缪勒说：“关于《人类的起源》，我正在考虑写出一篇小论文，这是因为人们责怪我隐瞒了自己的看法……我想加上一章关于面部表情的原因或作用……”。 
　　最初，他是在《一八四二年概要》中规定了性选择这个题目的，在这本概要中，他把性选择两种形式清楚地区分开来；雄性由于要占有雌性。因而发生争斗，雌性通过选择，挑择最漂亮、最有吸引力的雄性。如同在自然选择中的情况一样，这里变异使选择成为可能，遗传性使特征得以在后代巩固，但是选择的原因已不再是生存斗争。达尔文在《概要》中写道：“当时精力充沛的雄性，要么争斗武器较好，要么外表漂亮的雄性，经达几百代后，就会获得某些不大的优势，并将自己的特征传给后代”。因此，性选择的原因就是雄性在为占有雌性而发生的争斗中的竞争，在这一竞争中取得胜利的，是在争斗中战胜其他雄性的雄性，或者是对雌性更有吸引力的雄性。 
　　还在《物种起源》一书中，即在关于自然选择的第四章中，达尔文就已经用了两页左右的篇幅写性的选择。但是“人的种族特征的起源有赖于性选择”的想法，促使他全面深入地分析动物的第二性征，这第二性征是动物界所有各纲中性崩解作用明显表现出来的那些动物才有的。还在一八六八年五月，他写信给虎克说：“我顽强地工作，非常顽强地在研究性选择，这是一个很大的题目”，而一八六九年十一月十三日，他又告诉虎克说：“我由于经常写雄性、雌性、公鸡、母鸡，所以感到疲倦……请原谅，我笨重象只鸭，既是雄性，又是雌性”。一八七○年五月十五日，他又写信给虎克：“性选择的课题使我很感兴趣，但我应当尽量不陷入我常犯的推理过多的错误之中（最后一句话可能是指他的尚未广为流传的泛生学说）。” 
　　这样，达尔文就真正动手做起浩繁地工作来，反复研究了全部的实际材料，这些资料说明，第二性征在动物的生活中，特别是在动物交配期间，具有何种意义，起什么样的作用，它们的发展是否可以与性选择联系起来。这样，在《人类的起源》中，有十三章（第八章至第二十章）专门谈性选择（我们未提及的第七章是研究人种问题的）：其中有十一章是谈动物的性选择，后两章谈人的性选择，而书本身则叫作《人类的起源和性选择》。 
　　达尔文以他通常具有的无限耐心和严谨的态度，列举并分析了大量有关动物的性选择和第二性征的事实以及观察到的现象。不论我们如何对待性选择理论（我本人深信它的基本原则是正确的），书的这一部分的深远意义就在于：除了第一性征产生的问题之外，他还详细地研究了第二性征在动物生活中，特别是在动物交配期间的作用，这就为这一时期研究一般高等动物的生物学打下了基础。至今这部书在这方面仍是一部可以作为楷模的经典著作，人们还将长期从中汲取事实，并对这些事实加以解释，尽管其中有些事实或者解释，到后来人们发觉是错误的。 
　　这里不妨谈一谈华莱士和达尔文在性选择原则上一个重大的意见分岐。 
　　我们已经习惯于这一经常重复的论点，即华莱士独立地得出和达尔文完全一样的自然选择理论，他们当中谁都不太注意优先权和相互竞争的问题。总的来说这是对的，但这当然并不意味着达尔文和华莱士之间的细节上，有时是在带有原则性的观点上不存在分岐，这一点我们已在第十二章关于与华莱士所发生的事件以及刚刚列举的关于精神特征来源的例子中指出过（这只是一次《和华莱士所发生的事件》）。 

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